Región dueña de un pasado prehistórico que luego se convirtió en "tierra de nadie" entre los imperios español y portugués. El inicial predominio indígena (chanás-charrúas-guaraníes) fue desplazado por el poblamiento criollo y las posteriores colonias de inmigrantes.
El departamento de Artigas fue creado por Ley el 1o. de octubre de 1884, sobre territorio que correspondía previamente al departamento de Salto; a partir de esa fecha se designa a la Villa de San Eugenio como capital, la que en el año 1915 pasa a la categoría de Ciudad, con el nombre de Artigas, capital del departamento con el mismo nombre en homenaje al Héroe Nacional Uruguayo José Gervasio Artigas. Vinculado al hecho estuvo el coronel Carlos Lecueder, primer jefe Político y de Policía de Artigas.
Su capital Artigas surge al finalizar la Guerra Grande con el fin de consolidar las fronteras con Brasil, con el nombre de San Eugenio del Cuareim. Fue fundada el 12 de setiembre de 1852 por Don Carlos Catalá, eligiendo como mejor sitio el ubicado sobre las márgenes del Río Cuareim y frente a la Villa San Juan Bautista del otro lado del río, que era un asentamiento militar que se transformó luego en lo que es hoy día la ciudad de Quaraí.
Con el nombre de Santa Rosa del Cuareim fue fundada la actual Bella Union tras la Guerra contra el Brasil en 1829 por Fructuoso Rivera y los guaraníes refugiados de las Misiones Orientales que lo acompañaban. En 1852 tras vencer los colorados aliados del Brasil a los nacionales, el territorio al norte del Quareim fue cedido al Brasil lo cual motivó un desalojo de la población. En 1853 fue refundada con el nombre de Santa Rosa de la Bella Unión del Quareim. En el año 1929 el gobierno nacional con motivo del centenario de la campaña de las Misiones, envía un proyecto de ley a la Cámara de Senadores, en la cual establece el nombre de Bella Unión, que para aquel tiempo era una Villa.
Muchos años antes que los charrúas, existieron los primeros pobladores de lo que un día seria el Uruguay. Esta cultura es conocida como el Hombre del Catalanense.
En la década del 50, el arqueólogo uruguayo Antonio Taddei, pudo determinar en las orillas del arroyo Catalán Chico la existencia de restos de una cultura primitiva, de una antigüedad de entre 8 y 10 mil años. En el lugar, se recuperaron diversas piezas líticas recogidas en la superficie basáltica que permitieron descubrir que ahí vivió una cultura de recolectores-cazadores primitivos, basada en artefactos elaborados sobre lascas muchas de ellas trabajadas con filo.
También en Artigas a lo largo del Río Cuareim se encontraron restos de una cultura diferente a la anterior, más antigua; y otra de cazadores superiores, contemporáneos de ambas, cuya existencia se manifiesta en puntas de proyectil.
